Κύριος σκοπός του Νοσοκομείου είναι η παροχή πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας φροντίδας υγείας η οποία παρέχεται ισότιμα σε κάθε άτομο ανεξάρτητα από την οικονομική, κοινωνική και επαγγελματική του κατάσταση, σύμφωνα με τους κανόνες του Εθνικού Συστήματος Υγείας και της κοινωνικής ασφάλισης.
To νοσοκομείο Καστοριάς διαθέτει τις εξής Κλινικές:
Παθολογική, Καρδιολογική, Νευρολογική, Παιδιατρική, Χειρουργική, Ορθοπεδική, Ουρολογική, ΩΡΛ, Μαιευτική–Γυναικολογική.
Στην καρδιολογική κλινική λειτουργεί Μονάδα Εμφραγμάτων.
Διαθέτει επίσης Μονάδα Τεχνητού Νεφρού.
Υπάρχει σταθμός Αιμοδοσίας, Μικροβιολογικό–Βιοχημικό και Ακτινολογικό Εργαστήριο.
Διαθέτει τα εξής Τακτικά Εξωτερικά Ιατρεία:
Παθολογικό, Καρδιολογικό, Νευρολογικό, Παιδιατρικό, Πνευμονολογικό, Δερματολογικό, Νεφρολογικό, Ψυχιατρικό, Χειρουργικό, Ορθοπεδικό, Μαιευτικό–Γυναικολογικό, Ουρολογικό, ΩΡΛ, Οδοντιατρικό, Φυσιατρικό.
Υπάρχει Τμήμα Επειγόντων Περιστατικών.
Το νοσοκομείο Καστοριάς εφημερεύει σε καθημερινή βάση.
Στα πλαίσια αναβάθμισης των παρεχόμενων υπηρεσιών προς τους πολίτες του Νομού, περιλαμβάνεται και η ειδίκευση, η συνεχής εκπαίδευση και επιμόρφωση ιατρών, νοσηλευτών και άλλων επαγγελματιών υγείας, με ανάπτυξη και εφαρμογή ανάλογων εκπαιδευτικών προγραμμάτων.